En 2016, l’hôpital sera désaffecté par suite de l’ouverture du nouveau centre hospitalier de l’Université de Montréal (CHUM). Aucun projet concret de réaffectation visant à préserver la vie et la signification sociale de cet ensemble patrimonial n’est encore connu. Bien que le bâtiment soit protégé, étant donné sa valeur historique, architecturale, urbanistique et symbolique, cette protection n’est pas suffisante pour assurer son avenir; les risques d’abandon sont donc réels. Près de 50 millions de dollars y ayant été investis ces dernières années pour moderniser ses installations, plusieurs groupes réclament que le lieu conserve un usage lié à la santé. Une incertitude demeure quant à son éventuelle cession à des intérêts privés et à sa privatisation.
L’Hôtel-Dieu n’est que l’un des hôpitaux actuellement vacants à Montréal, conséquence de la centralisation des services hospitaliers, une tendance observée également dans d’autres métropoles. L’évolution démographique, les transformations des politiques et des programmes sociaux, les progrès technologiques tout comme les exigences financières et réglementaires liées à l’entretien du patrimoine bâti ont souvent pour effet d’amener la désaffectation de sites imposant comme celui de l’Hôtel-Dieu. Ces grands ensembles hospitaliers représentent toutefois un patrimoine incontournable du fait de leur valeur historique, architecturale et sociale, mais aussi par leur simple présence dans le paysage collectif.